費用面以外の違いについて

大きな違いは、責任の所在と運用の自由度です。登録支援機関に委託している場合、支援内容に不備があれば主に委託先の問題となりますが、自社支援の場合は企業が直接その責任を負います。一方で、自社支援では現場の事情や勤務シフトに合わせた柔軟な運用が可能となり、より実態に即した支援を行えるというメリットがあります。
費用については委託費用が不要になる一方で、支援担当者の人件費や教育費、内部体制の整備コストは発生するため、「丸々ゼロになる」というわけではありません。